沿岸域・閉鎖性海域における水質・生態系への気候変動影響を評価・予測するとともに、生物多様性・生物生産性の保全・確保に向けた適応策の検討を行う。具体的には、瀬戸内海を主たる対象海域として
【PJ1】長期モニタリングデータを活用した水質・底質・底生生物の長期変動解析、および植物プランクトン・底生動物への気候変動影響に関する実験研究、
【PJ2】陸域淡水・汚濁負荷流出-海域流動・水質・底質・生態系モデルを用いた気候シナリオに基づく気候変動影響予測、
【PJ3】適応オプションとその効果評価に関する研究を推進する。また、有明海・八代海にも同様の研究を展開し、気候変動影響の共通性・地域性を明らかにする。